为积极响应国家“创新驱动发展”战略号召，进一步贯彻落实《国务院办公厅关于深化高等学校创新创业教育改革的实施意见》（国办发〔2015〕36号）精神，根据事业发展和人才培养的需要，2018年3月南京工业职业技术学院成立创新创业学院，2019年3月独立设置创新创业学院，为教学单位。
创新创业学院负责统筹协调全校创新创业教育工作；负责创新创业教育课程的开发与教学；负责大学生创新创业训练项目的管理；负责国家级创新创业教学资源库建设；负责江苏省大学生创新创业实践教育中心建设；负责国务院“大众创业万众创新”示范基地建设。
学校创新创业教育工作领导小组下设办公室，与创新创业学院合署办公。