河南中医药大学期刊社为学校直属的二级部门，是学校对外学术交流的重要窗口，主要工作任务是编辑出版《河南中医》 《中医学报》 和创办新的学术期刊。期刊社下设党政办公室、总编室、《河南中医》编辑室、 《中医学报》编辑室、《仲景学报》编辑室。共有员工15人，其中具有高级专业技术职务者5人， 中级专业技术职务者7人，初级专业技术职务者3人，是一个年龄结构和知识结构相对合理的编辑专业人才队伍。期刊社同仁爱岗敬业、进取奉献，愿以“学春风气度，做秋水文章”与全国中医药编辑界同仁共勉，真诚地为作者和读者服务。
《中医学报》由中华中医药学会和河南中医药大学联合主办，现有常设栏目为：“论著”“述评”“名医心法”“实验研究”“中药研究”“临床研究”“针灸与推拿”；非常设栏目为：“本刊特稿”“学术争鸣”“思路与方法”“标准与规范”“中医文献”“流派研究”；《河南中医》由河南省中医药学会和河南中医药大学联合主办，重点栏目有张仲景学术思想探讨、名老中医经验、心病研究、脑病研究、肝病研究、针灸推拿研究等。《中医学报》《河南中医》均为教育部中国高校优秀期刊、中国高校特色期刊，国家中医药管理局全国中医药优秀期刊，美国乌里希期刊指南收录期刊，河南省一级期刊。《中医学报》又是中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊，中国核心学术期刊，河南省自然科学二十佳期刊、教育部中国高校科技期刊优秀团队、河南省高等学校优秀学报，美国《化学文摘》收录期刊、波兰《哥白尼索引》来源期刊。